Las colecciones de Oceanía y del Archipiélago Malayo tienen su origen en las expediciones de finales del siglo XVIII y principios del XIX (Bougainville, Freycinet, Dumont d'Urville, Collet, Tournefort, etc.), completadas por las misiones científicas organizadas por los museos e institutos de investigación, a lo largo de todo el siglo XX.

Las Islas Marquesas, Vanuatu y Nueva Caledonia —territorios que han tenido o aún tienen una fuerte influencia francesa— forman parte de los conjuntos más relevantes, constituidos por piezas antiguas y objetos de diversos tipos, y completados por una importante documentación visual (imágenes, dibujos y archivos). Pero el museo también cuenta, sorprendentemente a la vista de la historia colonial, una rica colección de Nueva Guinea. Las colecciones del Archipiélago Malayo están representadas por importantes conjuntos de adornos, piedras funerarias o ligadas al prestigio de los hombres (Sumatra, Sumba, Nias, Borneo, Filipinas, etc.), así como relevantes objetos batak (Sumatra). La creación contemporánea está representada por una serie de pinturas acrílicas sobre lienzo del Desierto Central australiano, adquiridas a partir de los años 1990.