Quelques temps après la disparition du major Kusanagi dans la matrice (à la fin du premier épisode de Ghost in the shell), Batou le cyborg de la section anti-terroriste se trouve confronté à des androïdes-prostituées qui suppriment leur client avant de s’autodétruire. L’intrigue-prétexte permet à Mamoru Oshii de poursuivre sa réflexion sur la nature de l’humanité et sur son prolongement possible dans la robotique, qu’il transforme en poème graphique et musical de haute volée anticipant les métissages du futur.