Le Prix Martine Aublet, créé en 2012 en collaboration avec le musée du quai Branly - Jacques Chirac, récompense un ouvrage, publié en France, ayant contribué de façon marquante à la connaissance des cultures et des civilisations non-occidentales dans les domaines de l’ethnologie, de l’histoire extra-européenne et de l’histoire de l’art.
Le Prix Martine Aublet, d’un montant de 10 000 euros, distingue soit un jeune chercheur, soit une personnalité scientifique reconnue. Chaque année, le Comité scientifique de la Fondation Martine Aublet propose au Conseil d’administration de la Fondation une liste de personnalités scientifiques marquantes et onze ouvrages importants publiés en français dans les deux dernières années. Le Prix Martine Aublet est remis chaque année par Xavier Darcos, Chancellier de l'Institut, Président du jury du prix lettéraire Martine Aublet.