La Galerie de la Méditerranée, réservée aux expositions dites de « référence », a pour vocation de faire découvrir aux visiteurs l’histoire de la Méditerranée. 15 objets agricoles et domestiques et un masque de chamane africain viennent y illustrer pour une durée de 5 ans, les sections dédiées à la maîtrise de la nature par l’homme. Un dépôt de 15 œuvres supplémentaire est prévu prochainement.
La galerie d’exposition Fort Saint Jean dédiée aux jeux de la fête accueille, pour une durée de 6 mois, une djebba, communément appelée fergani, vêtement de cérémonie par excellence des femmes juives et musulmanes de Constantine.
De son côté, le MuCEM a déposé au musée du quai Branly - Jacques Chirac 9 pièces (voir ci-contre), aux frontières du vaudou et de l’art contemporain, entrées dans les collections du musée national des arts et traditions populaires en 2001 : une bannière de culte oriflamme, Bossou ; une poupée d’autel, Erzulie au diamant ; un autel-maison sanctuaire, autel d’Erzulie ; une pièce de maitre-autel, Agoue Damballa ; une figurine rituelle, Gede violet ; une bouteille rituelle, bouteille cercueil ; une bouteille à libation et un paquet congo ; une bannière de culte Saint-Jacques.
Depuis décembre 2012, elles sont exposées en zone Amériques, sur le plateau des collections permanentes, dans le cadre du nouveau parcours sur les Amériques noires dont les nouvelles vitrines sont dédiées au vaudou haïtien, au candomblé du Brésil mais aussi aux arts des Marrons des Guyanes.