Rassemblées du16e au 17Ie siècle au sein de cabinets de curiosités, les plus anciennes collections amérindiennes du musée sont des témoins des peuples nouvellement reconnus dans les colonies établies aux Antilles, en Amérique du Sud et en Nouvelle-France (Canada et États-Unis actuels).
Au 19e siècle, les explorateurs ont plutôt privilégié les antiquités du Mexique et du Pérou, tandis que les collectes scientifiques des archéologues et des ethnologues du 20e siècle se rapportent à l'ensemble des Amériques.
